Die Waggonfabrik Jos. Rathgeber in München entwickelte sich aus einem Schmiedebetrieb, den Joseph Rathgeber in den 1830er-Jahren in München eröffnete. Seinem zunächst einfachen Betrieb gliederte der Schmiedemeister bald eine Dreherei, eine Wagnerei und eine Lackiererei an, sodass er dort nicht nur Einzelteile, sondern komplette Wagen bauen konnte.
Zunächst konzentrierte der Betrieb sich dabei auf Post- und Reisewagen, dies änderte sich jedoch 1840, als die Augsburg-Münchner-Eisenbahn eröffnet wurde. Von diesem Zeitpunkt an, fertigte Rathgeber in seinem Betrieb auch Waggons, für die er 1852 aus Platzmangel eine neue Werkstatt, die „Waggonfabrik Jos. Rathgeber in München“ eröffnen musste. Bis in die Siebzigerjahre des 19. Jahrhunderts lief der Schmiedebetrieb aber parallel weiter. Ab 1879 baute Rathgeber vorwiegend Güterwagen, um 1900 herum stellte der Betrieb aber auf Wagen für die Münchner Straßenbahn um.
Im Jahr 1911 schließlich nahm das Unternehmen eine neue Fabrik in Moosach in Betrieb, die dort bis heute steht und inzwischen unter Denkmalschutz gesetzt wurde. Auch in den folgenden Jahren fertigte Rathgeber vorwiegend Eisen- und Straßenbahnwaggons und Rolltreppen, versuchte sich zeitweise (um 1951) aber auch am Bau von Omnibussen.
Im Jahr 1956 übernahm schließlich die F. X. Meiller GmbH & Co KG die Aktienmehrheit der Waggonfabrik Rathgeber. In den folgenden Jahren beteiligte sich das Unternehmen noch an der Produktion von U- und S-Bahnen für die Bundesbahn, bevor der Bau von Schienenfahrzeugen gegen 1972 auslief.
1987 ging der Betrieb Rathgeber vollständig an die Firma Meiller und ihr Name verschwand vom Markt. Meiller stellte außerdem die Produktion des Betriebes auf Kipperaufbauten um, vom alten Fertigungsprogramm blieben nur Aufzugtüren.
